Został też ekspertem Agencji Oceny Technologii Medycznych i Taryfikacji – AOTMiT w zakresie diagnostyki terapii SARS-CoV-2.
Od 2021 roku członek grupy eksperckiej ds. COVID-19 przy Komisji Europejskiej. W latach 2020–2022 zaliczony do grona najbardziej wpływowych osób w polskiej medycynie.
Prof. Krzysztof Pyrć przyjął w 2021 roku, w obliczu kryzysu służby zdrowia i nauki, zaproszenie do Rady ds. Ochrony Zdrowia przy Narodowej Radzie Rozwoju Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej. Jednakże 30 maja 2023 roku, zdecydował się na wystąpienie z niej w odpowiedzi na podpisanie przez Prezydenta RP ustawy zwanej „Lex Tusk”. Swoją decyzję uzasadnił w następujący sposób: „W obliczu podpisania przez Pana Prezydenta ustawy, która umożliwia niszczenie wolności i demokracji w imię interesów partyjnych, nie mogę pozostać bierny. Drastyczne w mojej opinii złamanie Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej oraz postawienie racji partyjnej ponad racją stanu zmuszają mnie do podjęcia decyzji o złożeniu rezygnacji z udziału Narodowej Radzie Rozwoju”.
W 2024 roku został członkiem Zespołu do spraw Monitorowania i Oceny Sytuacji dotyczącej Zagrożeń związanych z Chorobami Zakaźnymi przy Ministrze Zdrowia, Izabeli Leszczynie.