Po założeniu Wyższego Seminarium Duchownego w Lublanie zaczął tam wykładać prawo kanoniczne. W marcu 1929 został mianowany biskupem koudiatorem diecezji lublańskiej. Rok później 1 sierpnia 1930 został biskupem diecezjalnym tamtejszej diecezji. W 1935 współuczestniczył w pracach mających zawarcie konkordatu pomiędzy Jugosławią a Watykanem. Po wybuchu II wojny światowej Rožman w przededniu okupacji włoskiej zlikwidował archiwa biskupie, żeby nie wpadły w ręce okupanta. Jesienią 1941 biskup otrzymał order z rąk włoskiego duce. Zgodnie z encykliką Divini Redemptoris, w której komunizm został przedstawiony jako pierwsze zło (,,primum malum”) Kościół w Słowenii ogłosił, że jego wrogiem są komuniści, także ci z partyzantki komunistycznej na terenie Jugosławii. Wielu księży diecezji lublańskiej zniechęcało młodych do wstępowania do podziemia lewicowego, przyzwalając natomiast na nabór do grupek faszystowskich. W 1944 opublikowano broszurę „Co każdy Słoweniec powinien wiedzieć o Froncie Wyzwolenia”, w której działalność tej komunistycznej partyzantki jako walczącą z Kościołem, Bogiem i kulturą chrześcijańską. Jednak Rožman kontakty z władzami okupacyjnymi wykorzystywał również do innych celów. Wielokrotnie interweniował w sprawie prześladowanych Żydów i Serbów, dzięki czemu wielu z nich udało się uratować.