W 1989 podczas aksamitnej rewolucji był moderatorem w trakcie wieców. Wziął udział w powołaniu Społeczeństwa przeciw Przemocy. Pełnił funkcję jego koordynatora, a od stycznia 1990 przewodniczącego tego ruchu. W listopadzie 1989 został dokooptowany do Słowackiej Rady Narodowej. W 1990 zrezygnował z ubiegania się o mandat w wolnych wyborach, gdy ujawniono, że jego nazwisko znalazło się na liście tajnych współpracowników policji politycznej StB. Nie odnaleziono żadnych dokumentów potwierdzających współpracę; upublicznione później dokumenty jednoznacznie zaś wskazywały, że Ján Budaj również w okresie rejestracji był traktowany jako przeciwnik systemu komunistycznego.

W latach 1991–1993 zajmował się dziennikarstwem. Od połowy lat 90. działał w Unii Demokratycznej. Od 1998 do 2002 zasiadał w Radzie Narodowej z ramienia Słowackiej Koalicji Demokratycznej. W 2000 stanął na czele nowej partii, która przyjęła później nazwę „Zmena zdola, Demokratická únia Slovenska”. W 2006 został wybrany na radnego Bratysławy.

Wraz ze swoją formacją nawiązał współpracę z ugrupowaniem Zwyczajni Ludzie. W wyniku wyborów w 2016 powrócił do słowackiego parlamentu. W 2020 z powodzeniem ubiegał się o poselską reelekcję.