W czasie II wojny światowej zostaje dyrektorem Szkoły Podstawowej nr 98 w Warszawie oraz kierownikiem tajnych kompletów Gimnazjum i Liceum im. Stanisława StaszicaRok 1944 [dostęp 2020-03-21].. Wstępuje także do 7. kompanii motorowej „Iskra” Batalionu „Kiliński” Armii KrajowejB. Lubicz-Nycz, Batalion «Kiliński» AK 1940–1944, PWN, Warszawa 1986, s. 64.. Bierze udział w powstaniu warszawskim, walczy w rejonie Śródmieścia. Po upadku powstania przedostaje się do Krakowa, gdzie po wojnie zostaje nauczycielem w 4. Liceum i Gimnazjum im. Jana SobieskiegoT. Gaweł, Pokłon tym, którzy tworzyli…, Czuwajmy, Kraków 1999, s. 45..
Umiera 15 stycznia 1956 r. w Krakowie. Spoczywa na Cmentarzu Rakowickim (kwatera LXXXVIII-24-29).
Rodzina Jego żoną była harcmistrzyni i działaczka społeczna Maria z Wusatowskich Bugajska, a dziećmi: Jan, podharcmistrz, student Politechniki Warszawskiej, instruktor tajnych kursów zastępowych, więzień Pawiaka, rozstrzelany 16 lipca 1943 r.J. Domoradzki, Rzecz o prof. Stanisławie Bugajskim, [w:] „Sądeczanin”, R. XI, Nr 9 , s. 41.