Następnie pozostawał bez pracy: najpierw po agresji ZSRR na Polskę 17 września 1939 w trakcie okupacji sowieckiej, a później po ataku Niemiec na ZSRR z 22 czerwca 1941 podczas okupacji niemieckiej. Podczas wojny wraz ze swoją żoną zamieszkiwał we Lwowie w dwupiętrowym domu prywatnym w centrum miasta. Jego ostatnim znanym miejscem zamieszkania był adres przy ul. Boczkowskiego 35 (obecnie ulica Odeśka). Od sierpnia 1942 aż do lipca 1944 na strychu domu Paszkudzkich była ukrywana żydowska kobieta (przyjaciółka i rówieśniczka jego syna, Renata Stam – oboje uczyli się w szkole M. Kistryna). Pod koniec 1942 jego żona udzieliła pomocy 16-letniemu żydowskiemu chłopcu Abrahamowi Wernerowi (synowi Leona Wernera, przewodniczącego Judenratu w Sanoku), którego pod imieniem Adam umieściła na kwaterze w mieszkaniu swojej pomocy domowej, Marii, nieopodal swojego domu. Ponadto w domu Paszkudzkich były ukrywana pochodzące z Bochni Irena Melsling z córką Marią (skierowane przez brata Leonardy, Zygmunta Bobreka), którym udzielono dokumentów pozostałych po krewnych z rodziny Paszkudzich, deportowanych w głąb ZSRR. Paszkudzcy ukrywali także pochodzącego z Sanoka sędziego Edmunda Krotowskiego.