Jedną z pierwszych decyzji ks. Szygendy jako proboszcza było całkowite przeniesienie nabożeństw do nowego kościoła w dniu 1 września 1988 roku, pomimo że pozostawał on jeszcze wtedy w stanie surowym (np. dach kościoła ukończono dopiero pod koniec roku). W latach 1988–1989 zreorganizował budynek administracyjno-mieszkalny przy kościele, wygospodarowując część pomieszczeń przeznaczonych na sale katechetyczne na potrzeby Diecezjalnego Studium Organistowskiego, przeniesionego do tej parafii. Więcej pomieszczeń wygospodarowano na cele mieszkaniowe.
Ks. Szygenda proponował zmiany w planie budowy kościoła, które jednak nie zostały przyjęte. Polegałyby one m.in. na likwidacji łącznika między kościołem a plebanią i przeniesienie zakrystii do pomieszczenia w pobliżu wejścia do kościoła. Dzięki temu rozpoczęcie każdej mszy odbywałoby się poprzez wejście procesjonalne. W obliczu braku zgody na zmianę planu, doprowadził do budowy łącznika i zakrystii w latach 1989–1990. W tym samym czasie urządzono wnętrze Świątyni, obejmujące m.in. wyodrębnienie prezbiterium i wzniesienie ściany ołtarzowej. W 2001 roku wykonano nowoczesną kotłownię, zapewniającą kościołowi ogrzewanie niezależne od miejskiej sieci ciepłowniczej.