Na projektanta wnętrza kościoła zatrudnił ks. Tadeusza Furdynę. W opinii proboszcza, dzięki jego pracy wystrój świątyni jest spójny i tworzy niepowtarzalną atmosferę. W zamyśle ks. Furdyny i Szygendy, liczne elementy wystroju wykonano w ceramice. Dzieło to zlecono włocławskiemu artyście Antoniemu Bisadze, silnie związanemu z życiem parafii. Dziełem Bisagi i projektu Furdyny jest m.in. najbardziej charakterystyczny element wnętrza kościoła, tj. wysoka ściana ołtarzowa z licznymi rzeźbami nawiązującymi do wiary w Zmartwychwstanie Chrystusa. Kamienne elementy wyposażenia wnętrza, takie jak część ołtarza, chrzcielnica i prezbiterium wykonał Tadeusz Sidor z Włocławka, zaś witraże wg projektu ks. Furdyny wykonał w latach 1997–1998 Marek Poczwardowski z Inowrocławia.
Zbigniew Szygenda był pomysłodawcą wykonania tzw. Filaru Wielkich Polaków, stanowiącego dziś istotny element wystroju wnętrza Świątyni. Są to trzy ceramiczne płaskorzeźby wykonane w latach 1994–2006 i zamontowane na filarze po lewej stronie od wejścia kościoła, przedstawiające sylwetki trzech wielkich kapłanów związanych z Włocławkiem. Ci kapłani to: zamordowany we Włocławku ks. Jerzy Popiełuszko, papież Jan Paweł II, który w 1991 roku nawiedził Włocławek podczas IV pielgrzymi do Polski i wychowanek miejscowego seminarium kardynał Stefan Wyszyński.