Na początku lat siedemdziesiątych XX wieku archimandryta Jan (da Rocha) przebywał w Paryżu, gdzie kontynuował studia z teologii i filozofii, a następnie zorganizował Prawosławny Instytut Teologiczny św. Leona Wielkiego. Od 1968 roku Jan (da Rocha) poza swoją pracą naukową był zaangażowany także w duszpasterstwo dla Portugalczyków, a zwłaszcza wśród społeczności konwertytów z katolicyzmu, która uczestniczyła w nabożeństwach sprawowanych przez Kościół Katolicko Prawosławny Francji w rycie gallijskim. Archimandryta Jan (da Rocha) zorganizował w tym czasie kilka misji oraz przetłumaczył księgi do liturgii bizantyjskiej na język portugalski.
W 1974 roku Jan (da Rocha) został mianowany administratorem biskupim Egzarchatu Portugalii w strukturach Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego poza granicami Rosji. W 1976 roku misja ta otrzymała prawną rejestrację w Republice Portugalii jako Ortodoksyjny Kościół Katolicki Portugalii. Mimo dynamicznego rozwoju administratura ta nie cieszyła się zbytnim zainteresowaniem ze strony władz zwierzchnich Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego poza granicami Rosji i była marginalizowana.