W barwach tej drużyny zadebiutował w europejskich pucharach, a konkretnie w Lidze Europy, gdzie zdobył trzy bramki w fazie grupowej, w tym dwie w wygranym 2-0 spotkaniu przeciwko Atlético Madryt.
18 sierpnia 2013 roku zadebiutował w barwach Sportingu w wygranym 5-1 spotkaniu z FC Arouca. 20 lipca 2014, klub poinformował o zagranicznym wypożyczeniu zawodnika do Dinamo Zagrzeb. W Chorwacji, Wilson Eduardo został mistrzem kraju, a także wywalczył puchar kraju. Po zaledwie pół roku powrócił jednak do Portugalii, a następnie 30 stycznia 2015 roku trafił do ADO Den Haag.
31 sierpnia 2015 roku, po 11 latach w klubie rozstał się ze Sportingiem, aby dołączyć do SC Braga. Już w pierwszym sezonie zdobył z klubem Puchar Portugalii, a w sezonie 2018/2019 po raz pierwszy w karierze przekroczył liczbę 10 bramek w ligowym sezonie.