Najcenniejsze typy lasów - kwaśne dąbrowy i grądy występują zwykle na obrzeżach rynien związanych z ostatnim zlodowaceniem, a lasy i bory bagienne zajmują terasy przyjeziorne lub miejsca po zarośniętych zbiornikach wodnych lub ich części. Spotyka się tu przykłady bardzo dobrze funkcjonujących torfowisk źródliskowych i przejściowych. W obszarze reprezentowane są jeziora ramienicowe, dystroficzne i eutroficzne. Uroczyska Kujańskie są ważnym terenem występowania gatunków roślin i zwierząt z załącznika II Dyrektywy Siedliskowej.
Główną oś obszaru stanowi jezioro Borówno i genetycznie związane z nim mniejsze zbiorniki, w których występują siedliska ramienicowe. W jeziorze Borówno (powierzchnia 207 ha, głębokość maksymalna 18,5 m), rośnie chroniona w Polsce i bardzo rzadka w Europie ramienica Lychnothamnus barbatus. Gatunek ten był odnotowany na tym stanowisku blisko 100 lat temu i utrzymał się do tej pory. Południowa część jeziora jest zdominowana przez łąki ramienicowe budowane przez Nitellopsis obtusa i Chara tomentosa (Owsianny i in. 2009, Sugier i in. 2009Sugier P., Pełechaty M., Gąbka M., Owsianny P. M., Pukacz A., Ciecierska H., Kolada A. 2009. Lychnothamnus barbatus: global history and distribution in Poland. Charophytes 2(1): 19-24., Gąbka i in. 2010Gąbka M., Owsianny P.M., Burchardt L. 2010.