Od 1 stycznia 1991 zmieniono strukturę organizacyjną przedsiębiorstwa na dywizjonalną, zorganizowaną wokół głównych kierunków biznesowych. Utworzono 8 zakładów na wewnętrznym rozrachunku z zachowaniem niektórych funkcji centrali. Od 1 lipca 1991 Minister Przekształceń Własnościowych zmienił status prawny ZAP na jednoosobową spółkę Skarbu Państwa. Wobec spadku zamówień zarząd spółki podjął kroki restrukturyzacyjne. Rozwiązano i poddano prywatyzacji trzy zakłady (projektowania, produkcji doświadczalnej, wykonawstwa inwestycyjnego). Zespół Szkół Zakładowych przekazano Kuratorium Oświaty w Kaliszu. W następnych latach prywatyzowano działalności pomocnicze (służby socjalne, poligraficzne, serwis, służby remontowe, produkcję narzędzi i części złącznych, obsługę prawną). Jednocześnie zadbano o jakość wyrobów i usług. ZAP uzyskał certyfikat ISO 9000 od firmy TUV-CERT-BERLIN. Wprowadzono nowe sposoby planowania, budżetowania i rachunkowości przy wykorzystaniu technik informatycznych. Po podwyższeniu kapitału akcyjnego w 1997 akcje ZAP objęły Pierwszy Narodowy Fundusz Inwestycyjny (NFI) i Agencja Rozwoju Przemysłu. Skarb Państwa przestał być dominującym właścicielem. Po korektach zakresu działania zakładów, stanowiących wewnętrzna strukturę ZAP, przekształcono je i zarejestrowano jako sp. z o.o.