został mianowany profesorem nadzwyczajnym, potem zwyczajnym i był nim do 1832 r., kiedy uczelnia dekretem cara Mikołaja I została zamknięta. Wyjechał wówczas z Wilna i zamieszkał prawdopodobnie w Ancunach w majątku dzierżawionym przez jego ojca. Ożenił się i miał kilkoro dzieci. Przez jakiś czas potajemnie wykładał botanikę. Zmarł 5 kwietnia 1877 r. Pochowany został na cmentarzu Bernardyńskim w Wilnie.
Praca naukowa J. Jundziłł po powrocie do kraju podczas kilkumiesięcznej wyprawy terenowej w guberni wileńskiej zebrał okazy około 700 gatunków roślin. Zbierał je do końca życia tworząc zielniki. W 1830 r. wydał florę Litwy pt. Opisanie roślin … W 1833 r. dwa swoje zielniki oraz część zielnika Jeana Emmanuela Giliberta przekazał Akademii Medyko-Chirurgicznej w Wilnie (łącznie 54 fascykuły). W latach 1843–1844 opublikował w Wilnie sześć tomów Historyi naturalnej dla dzieci. Wiele czasu poświęcał również nomenklaturze botanicznej, zajmował się pochodzeniem i tworzeniem terminów botanicznych, nazw gatunków i wyższych taksonów roślin i grzybów. Opracował Atlas roślin lekarskich. Zgromadził też ogromną bibliotekę.