W latach 1947–1955 Donk został szefem Herbarium Bogoriense i zastępcą profesora na uniwersytecie w Indonezji w 1952 r. Mniej więcej w tym czasie zainteresował się nomenklaturą. Po powrocie do Holandii w latach 1956–1972 był kierownikiem oddziału mykologicznego w Leiden, a w latach 1954–1960 także członkiem Królewskiej Holenderskiej Akademii Sztuki i Nauki. Był także przewodniczącym Komitetu Nomenklatury Międzynarodowych Kongresów Botanicznych w Komitecie ds. Grzybów i Porostów. W 1959 r. wraz z kolegą Rudolphem Geesteranusem Donk założył czasopismo Persoonia, w którym publikowane są prace z zakresu mykologii.

Praca naukowa Jako doktorant w dziedzinie mykologii w 1931 r. ukończył pracę nad „Revisie van de Nederlandse Heterobasidiomyceteae”, a potem jej drugą część „Revisie van de Nederlandse Heterobasidiomyceteae II”. Główny obszar badań Donka dotyczył taksonomii grzybów, zwłaszcza Aphyllophorales i Heterobasidiomycetes. Był zaangażowany w rozwój nowoczesnego systemu klasyfikacji Aphyllophorales i wpłynął na zasady nomenklatury botanicznej dotyczące grzybów.