W 1486 roku nowo utworzone kolegium w katedrze w Bernie nabyło całe opactwo i jego ziemie. Kościół opactwa początkowo był częścią parafii Mühleberg. Kościół pozostał częścią opactwa po przejściu kantonu Berno na wiarę protestancką podczas reformacji.
W latach 1742–1748 władze kantonu Berno zbudowały drogę z Lozanny do Berna przez Murten. Frauenkappelen była pierwszą większą stacją postojową dla podróżujących z Berna. Na potrzeby podróżników zbudowano karczmę, warsztat kowalski oraz schronisko dla pielgrzymów. Frauenkappelen pozostawała gminą wiejską do lat 60. XX wieku, kiedy rozwój gminy Berno sprawił, że do Frauenkappelen wprowadzili się pracujący w Bernie pracownicy. W latach 70. do gminy swoją siedzibę przeniósł zarząd piechoty .
Geografia Frauenkappelen ma powierzchnię 9,29 km². W 2012 roku 3,92 km² (42,3%) było używane w jako grunty rolne, a 3,81 km² (41,1%) stanowiły lasy i obszary zalesione. W tym samym roku 0,63 km² (6,8%) stanowiło obszar zabudowany, 0,86 km² (9,3%) zajmują jeziora i cieki, a 0,07 km² (0,8%) stanowią grunty nieużytkowane.
W 2012 roku 3,5% powierzchni gminy stanowiły budynki mieszkalne, a 2,7% stanowiła infrastruktura transportowa.
Frauenkappelen znajduje się nad , a rzeką Gäbelbach.