Podczas nadzorowania budowy kościoła Tode nawiązał znajomości z wieloma wpływowymi ludźmi. Książę Fryderyk Pobożny zaangażował go do pisania kantat i tekstów oratoryjnych do muzyki kompozytora Johanna Christopha Schmügela. W 1772 ukazał się brewiarz z pieśniami zawierającymi liczne teksty Heinricha Juliusa Tode. Tode zainteresował się także mykologią i systematyką grzybów. Napisał Fungi Mecklenburgenses Selecti, w którym to dziele umieścił wiele nowych, opisanych przez siebie gatunków grzybów, głównie grzybów mikroskopijnych. Dzieło to zawiera również jego doskonałej jakości rysunki (miedzioryty).
Po ukończeniu budowy kościoła Tode został przeniesiony do miasta Schwerin, gdzie zająć się musiał pracą urzędniczą w radzie konsystialnej. To męczące i mało ambitne zajęcie wywołało u niego przygnębienie, pod wpływem którego chciał zniszczyć wszystkie swoje prace naukowe. Na szczęście zniszczeniu uległ tylko ostatni tom jego dzieła o grzybach. Zmarł w wieku 64 lat i został pochowany w katedrze w Schwerinie.
W nazwach naukowych utworzonych przez Tode taksonów grzybów dodaje się jego nazwisko Tode (np. Acrospermum Tode).