został posłem do Reichstagu z ramienia Zjednoczenia Radykalnego (Freisinnige Vereinigung, FVg), a jego kadencja wygasła w 1912 r. Mandat poselski posiadał również w latach 1913–1918. W 1910 lewicowo-liberalne partie połączyły się w Postępową Partię Ludową (Fortschrittliche Volkspartei, FVP), w której działał także Naumann.
W czasie I wojny światowej wykładał w kraju oraz zagranicą. W tym okresie powstało jego najważniejsze dzieło Mitteleuropa, w którym proponował stworzenie związku państw środkowoeuropejskich. W 1915 r. powołał komisję Arbeitsausschuss für Mitteleuropa, w celu zrealizowania tej koncepcji. Komisja ta była prywatnym i niezależnym od rządu stowarzyszeniem polityków, ekonomistów i socjologów. Organizację ukonstytuowano 22 lutego 1916 w Berlinie. Jednym z ważniejszych członków był, długoletni przyjaciel Naumanna, Max Weber. Koniec Wielkiej Wojny uczynił ideę Europy Środkowej nierealną, a komisja uległa rozwiązaniu. W 1917 r. Naumann założył szkołę Staatsbürgerschule, którą w 1920 przekształcono w Deutsche Hochschule für Politik, a następnie w przy Wolnym Uniwersytecie Berlińskim w 1959 r.