W 1878 r. świątynia została przekazana w ręce archidiecezji w Toledo, która podjęła się dalszej przebudowy (m.in. usunięcia XVI-wiecznych trybun z wnętrza). Dnia 31 maja 1906 r. w kościele odbył się ślub króla Alfonsa XIII z Wiktorią Eugenią de Battenberg; na tę okazję przed kościołem zbudowano monumentalne schody. Dnia 27 listopada 1975 r. kardynał Vicente Enrique y Tarancón przewodniczył mszy wotywnej do Ducha Świętego o pomyślne rządy wstępującego na tron króla Juana Carlosa I.
W początkach XXI w. przeprowadzono gruntowną restaurację kościoła, która doprowadziła do odkrycia renesansowych malowideł ściennych i znacznie uszkodzonych płaskorzeźb. Kościół zyskał interesujące wyposażenie w postaci obrazów wypożyczonych z Muzeum Prado.
Claustro de los Jerónimos Pod koniec XX w. krużganki pozostałego po klasztorze wirydarza (hiszp. Claustro de los Jerónimos), główna pozostałość jednego z najbardziej znanych klasztorów Madrytu, rozpadały się, coraz bardziej zarastając dziką roślinnością. W tym samym czasie dyskutowano o konieczności rozbudowy Muzeum Prado. Zdecydowano się więc na włączenie krużganków w zabudowę muzeum, który został połączony z głównym budynkiem podziemnym korytarzem.