Nieznane jest miejsce pochówku królowej Neferneferuaton. Wiadomo jednak, że niektóre przedmioty należące do jej wyposażenia grobowego zostały wykorzystane przy pochówku Tutanchamona. Nicholas Reeves ocenia, że prawie 80% wyposażenia grobowego Tutanchamona pochodzi z dóbr grobowych należących do kobiety-faraona, w tym jego złota maska, środkowa trumna, urny kanopskie, złocone panele, figurki uszebti, skrzynie czy królewska biżuteriaReeves 2014, s. 511-522.. Oznacza to, że grób Neferneferuaton został sprofanowany po śmierci Tutanchamona lub też nigdy nie została ona pochowana jako królDodson 2018, s. 51..
Tożsamość
Nefertiti
Kandydatura Nefertiti została wysunięta w 1973 r. przez J.R. HarrisaHarris 1973, s. 5-13.. Na jej związek z Neferneferuaton wskazuje zbieżność jej imienia, które jako pełne imię królowej brzmiało Neferneferuaton-Nefertiti. Stała się więc ona naturalną kandydatką. Pozostałości malowanego tynku noszącego królewskie imiona Neferneferuaton, znalezione w Pałacu Północnym w Amarnie i uważanego za rezydencję Nefertiti, wspierają tę identyfikacjęDodson 2018, s. 43.. Nefertiti odgrywała znaczącą rolę w czasie panowania Echnatona. Ukazywana była niekiedy w scenach zastrzeżonych dla władcy, np. w scenie gromienia wrogów Egiptu.