Po roku 1945 Na początku 1945 Alfred Kleindienst udał się do Bawarii, gdzie ewakuowała się jego rodzina. Tam został 3 września 1945 aresztowany przez amerykańskie władze okupacyjne pod zarzutem popełnienia przestępstw wojennych, a następnie przekazany polskim władzom. O uwolnienie ks. Kleindiensta wnioskowali m.in. opozycyjny wobec Hitlera biskup Ewangelickiego Kościoła Krajowego Wirtembergii Theophil Wurm oraz arcybiskup Canterbury Goeffrey Fisher. Proces ks. Kleindiensta miał miejsce w Sądzie Okręgowym w Łodzi 21 maja 1948. Podczas procesu na korzyść Kleindiensta zeznawali zwierzchnik Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w RP ks. prof. Jan Szeruda, ks. dr Andrzej Wantuła oraz ks. Zygmunt Michelis.
W efekcie procesu sądowego został uniewinniony i 16 listopada 1948 udał się do swojej rodziny w Augsburgu. Tam w latach 1949–1959 służył jako pastor w Ewangelicko-Luterańskiej Parafii Św. Anny w Augsburgu. W tym czasie był także radcą Konsystorza Ewangelicko-Luterańskiego Kościoła Krajowego Bawarii. W roku 1959 przeszedł na emeryturę.
Zmarł 23 listopada 1978 roku w Augsburgu, gdzie został pochowany na lokalnym cmentarzu ewangelickim.