Po dwutygodniowym postoju, 27 stycznia jednostka wyszła z Bordeaux na swój trzeci atlantycki patrol, tym razem w rejon pomiędzy , Porto i Przylądkiem Świętego Wincentego. 14 lutego w estuarium Tagu „Glauco” został wykryty przez co najmniej pięć nieprzyjacielskich jednostek ZOP, które podjęły atak na włoski okręt, zrzucając 130 bomb głębinowych. W wyniku bliskich eksplozji pod kilem „Glauco” doznał poważnych uszkodzeń i został zmuszony do przerwania patrolu, powracając 22 lutego do bazy. Naprawa okrętu trwała trzy miesiące.
18 czerwca 1941 roku „Glauco” wyszedł z Betasom z zamiarem powrotu na Morze Śródziemne, jednak z powodu awarii siłowni okręt zmuszony był zawrócić do Bordeaux w celu dokonania koniecznych napraw uszkodzonych silników Diesla. 24 czerwca jednostka ponownie opuściła bazę i trzy dni później znalazła się u wejścia do Cieśniny Gibraltarskiej. 27 czerwca o godzinie 11:25 płynący w zanurzeniu okręt został na pozycji wykryty i zaatakowany bombami głębinowymi przez brytyjski niszczyciel , dowodzony przez kmdra por. Edwarda T. Coopera (który opuścił konwój HG-66). Wybuchające blisko włoskiej jednostki bomby spowodowały ciężkie uszkodzenia, co zmusiło kpt. Baroniego do wydania rozkazu alarmowego wynurzenia.