W trakcie wojny, MLC był najlepiej zorganizowaną militarnie siłą biorącą udział w konflikcie.

Effacer le tableau Między listopadem 2002 a styczniem 2003 roku, MLC wraz z Ruchem na rzecz Demokracji Kongijskiej przeprowadzili akcję Effacer le tableau (nazwa operacyjna misji), która polegała na systematycznej eksterminacji pigmejów Bambuti.

Głównym celem misji było zbrojne zajęcie prowincji Kiwu Północne w DRK oraz usunięcie Pigmejów ze wschodniego regionu Konga, którego liczba mieszkańców wynosiła wówczas 90 000. Rebelianci uważali ich za „podludzi” oraz wierzyli, że ciało Bambuti posiada „magiczne moce”. Pojawiły się również doniesienia o powszechnym kanibalizmie.

Szacuje się, że z powodu akcji zginęło od 60 000 do 70 000 Pigmejów.

Walki w Republice Środkowoafrykańskiej Pomiędzy 25 października 2002 roku a 15 marca 2003 roku MLC pod dowództwem Bemby uczestniczył w tłumieniu próby zamachu stanu w Republice Środkowoafrykańskiej organizowanej przez generała François Bozizé przeciwko rządowi prezydenta Ange-Félixa Patassé. MLC interweniował na polecenie rządu Patassé. W trakcie walk, rebelianci popełnili liczne akty morderstwa, gwałtu i tortur.