Znane są dwa miejsca pochówku, które można przypisać Neferuptah. Najpewniej przygotowano dla niej miejsce w piramidzie Amenemhata III w Hawarze. W przedsionku komory grobowej króla znaleziono zestaw alabastrowych przedmiotów z wypisaniem imieniem księżniczki Neferuptah. Były tam m.in. ołtarz ofiarny i kilka naczyń w kształcie połówek pieczonych kaczek. W komorze grobowej umieszczono duży kwarcytowy sarkofag króla, a obok niego drugi, mniejszy, przeznaczony dla królewskiej córki Neferuptah. W obu sarkofagach znajdowały się kwarcytowe skrzynie na urny kanopskieI.E.S. Edwards, dz. cyt., s. 207-208.. Późniejsze ustalenia wykazały, iż księżniczka pochowana została gdzie indziej. W 1956 r. Nagib Farag i Zaki Iskander rozpoczęli badania w miejscu położonym około 2 kilometry od piramidy w Hawara, gdzie odkryli komorę 5-metrowej długości. Grób okazał się nietknięty: wewnątrz znajdował się sarkofag z czerwonego granitu, na którym wśród inskrypcji odczytano imię Neferuptah. W grobowcu odkryto przedmioty z jej imieniem, wśród których wyróżniały się srebrne wazy oraz stół ofiarny z szarego granitu. Wypełniony wodą sarkofag ukazał po jej usunięciu warstwę osadu, w której stwierdzono resztki drewna pochodzące z dwóch wewnętrznych trumien, a także lniane bandaże z pozostałościami tkanekI.E.S. Edwards, dz. cyt., s. 209..