naturalnie występujących różnic między osobnikami. Wymagało to nowej definicji gatunku. Darwin wywnioskował, że gatunki są tym, czym się wydają: ideami, umożliwiającymi prowizoryczne nazwanie grupy osobników wchodzących ze sobą w interakcje (tłumaczenie w wersji Szymona Dicksteina):
Taksonomia i nazewnictwo thumb|Zwierzę zwane kuguarem, lwem górskim, panterą i pumą nosi jedną nazwę naukową: Puma concolor
Nazwy zwyczajowe i naukowe Pospolicie używane nazwy organizmów nierzadko mogą być mylące – przykładowo słowo „kot” oznaczać może kota domowego (Felis catus) lub dowolnego innego kotowatego (Felidae). Innym problemem jest zmienność nazw w zależności od regionu. W różnych częściach Ameryki puma płowa (Puma concolor) znana jest jako puma, kuguar, catamount, pantera, painter i lew górski. „Pantera” może jednak oznaczać również jaguara amerykańskiego (Panthera onca) z Ameryki Łacińskiej i lamparta plamistego (Panthera pardus) z Afryki i Azji. Nazwy naukowe powinny dla odróżnienia być unikatowe i uniwersalne. Składają się z nazwy rodzajowej, jak Puma, i epitetu gatunkowego, jak concolor. Pełna nazwa naukowa obejmuje również autora i rok pierwszego opisu, jak Locusta migratoria, Linneusz, 1758. Jeśli od pierwszego opisu zaszła zmiana nazwy naukowej nazwisko autora i rok obejmuje się okrągłym nawiasem.