Jednak rozwój metody naukowej zapoczątkowany w XVI wieku oraz ekspansja wiedzy przyrodniczej przyczyniły się do coraz większego zainteresowania historią naturalną. Poczynając od szkockiego geologa Jamesa Huttona (1726–1797), w przyrodoznawstwie zaczęto proponować datowanie Ziemi w oparciu nie o Pismo Święte, lecz o obserwację przyrody – najpierw osadów morskich (jak w przypadku Huttona), w późniejszych wiekach warstw kopalnych, a w końcu kosmicznego promieniowania tła i rozpadu pierwiastków promieniotwórczych.
Na początku XIX wieku geolodzy ustalili, że Ziemia jest znacznie starsza niż dotąd uważano, a globalny potop był nie do utrzymania na podstawie danych osadowych. Konkluzjom tym sprzeciwiało się przez pewien czas kilku „geologów biblijnych”, ale nawet ta opozycja wymarła w kręgach edukacyjnych, zarówno świeckich, jak i religijnych, zanim Charles Darwin opublikował O powstawaniu gatunków w 1859 roku.