Prace nad małymi niekodującymi RNA doprowadziły do zrozumienia biogenezy intronowych małych jąderkowych RNA (snoRNA), a także ujawniły nieoczekiwane cechy promotorów genów U-snRNA i snoRNA u roślin, świadczące o wspólnym ewolucyjnym pochodzeniu systemów transkrypcyjnych pol II i pol III. Badania Filipowicza przyczyniły się także do zrozumienia biogenezy rybosomów eukariotycznych (identyfikacja białek Rcl1i Bms1 jako czynników niezbędnych do dojrzewania rybosomów).
Badania nad RNAi i mikroRNA, prowadzone w latach 2000-2016, skupiały się na mechanistycznych aspektach funkcji rybonukleazy oraz mechanizmie i odwracalności hamowania biosyntezy białka przez miRNA w komórkach ssaków, regulacji degradacji miRNA w neuronach oraz roli miRNA w rozwoju i funkcjonowaniu fotoreceptorów siatkówki.
Wybrane nagrody i członkostwa w organizacjach Nagroda Towarzystwa RNA (RNA Society) za Całokształt Twórczości Naukowej (2011) Gutenberg Chair Award (Chaire Gutenberg) 2013, Strasburg Członek Europejskiej Organizacji Biologii Molekularnej (EMBO) (od 1994) Członek Academia Europaea (od 2005) ;