Wojna i okupacja W czasie II wojny światowej towarzystwo, przy przychylności rządu węgierskiego, pomagało przybyłym z Polski uchodźcomÁkos Engelmayer, Polscy uchodźcy na Węgrzech (1939 – 1945), w: Podkowiański Magazyn Kulturalny, nr 60/2009, koncentrując się przede wszystkim na uczonych, pisarzach i artystach. Atak Niemców na Jugosławię i ZSRR zmusił organizację do przejściowego zawieszenia działalności, aczkolwiek wiadomo, że w 1942 organizowano odczyty. Już w 1943 działalność ponownie znacznie się ożywiła przy aktywnym współudziale polskich uchodźców. W tych ramach działali m.in. Wanda Dziembowska, Witold Łuczyński, Adam Herman, Zdzisław Antoniewicz, Kazimiera Iłłakowiczówna, czy Stanisław Fleszar. Prowadzono również działalność wydawniczą.
Po rozpoczęciu okupacji Węgier przez Niemców, hitlerowcy zorganizowali nagonkę na wszystkie instytucje i organizacje polskie w Budapeszcie. Towarzystwo musiało w tej sytuacji zejść do podziemia, wielu jego członków przez wiele tygodni ukrywało się poza miejscem zamieszkania, a kilku zostało zamordowanych, jak np. wiceprezes Endre Bajcsy-Zsilinszky, Janos Kertész i Jenő Mohácsi.