II wojna światowa 18 września 1940 roku o. Albert wraz z innymi współbraćmi został aresztowany przez Gestapo pod zarzutem śpiewania pieśni „Serdeczna Matko”, budzącej nastroje patriotyczne, a także o użycie w czasie kazania stwierdzenia, że „Hitler musi przegrać wojnę bo targnął się na Boga”. Został przewieziony do więzienia przy Montelupich w Krakowie, gdzie przebywał do 29 listopada 1940 roku. Następnie znalazł się w obozie w Oświęcimiu. W czasie posługi wśród chorych zachorował na tyfus plamisty, przeżył otrzymując tylko zastrzyki na wzmocnienie serca. Po dwóch tygodniach pokonał chorobę.
Ojciec Albert przypisywał wyzwolenie obozu w 1945 roku nadzwyczajnej ingerencji i opiece św. Józefa. W czasie zbliżającej się likwidacji obozu wraz z innymi kapłanami rozpoczął nowennę o uratowanie od śmierci. Kapłani w Dachau złożyli uroczyste ślubowanie, że w rocznicę wyzwolenia odbędą zbiorową pielgrzymkę do cudami wsławionego obrazu św. Józefa w Kaliszu, oraz będą szerzyć kult Opiekuna św. Rodziny. Na zakończenie tej nowenny niespodziewanie wkroczyła na teren obozu Armia Amerykańska, przynosząc wyzwolenie obozu.
Swoje przeżycia spisał w książce Duchowni w Dachau, będącej świadectwem życia w obozie wielu kapłanów.