W latach 640–642 Arabowie podbili Egipt, co otworzyło drogę arabizacji i islamizacji Afryki Północnej. Pod panowaniem arabskim na innowierców zostały nałożone podatki dżizja i charadż. Szczególnym okrucieństwem wobec mnichów egipskich charakteryzowały się rządy Marwana II. W latach 725-773 odnotowano 6 poważnych powstań koptyjskich spowodowanych obciążeniami podatkowymi. Powstania były brutalnie tłumione, a konwersja na islam otworzyła możliwość włączenia się w uprzywilejowaną klasę muzułmańską i uniknięcia wysokich opłat. Do IX wieku większość Egipcjan przeszła na islam.
Po względnej tolerancji, jaka panowała pod kalifatami Tulunidów (868–905), Ihshididów (935–960) i Fatymidów (969–1171), szczyt represji innowierców miał miejsce w latach 1008-1015, pod panowaniem szyitów. Początkowo tylko sunnici byli prześladowani, a następnie represyjna polityka rozprzestrzeniła się na chrześcijan i żydów. Panowanie Al-Hākima było punktem zwrotnym w historii Egiptu i początkiem masowego przyjmowania islamu przez chrześcijan. Zniszczono wtedy liczne kościoły.
W XIX wieku reformy Muhammada Alego sprawiły, że Koptowie zostali zwolnieni z obowiązku płacenia dżizji, a także otworzyły drogę dla misji chrześcijańskich w Egipcie.