Od 2007 roku aż do nagłej śmierci w 2016 pełnił funkcję dyrektora Instytutu Farmakologii PAN. W ocenie jego współpracowników, Krzysztof Wędzony „przyczynił się w istotny sposób do rozwoju Instytutu”. Pod jego kierunkiem Instytut pozyskał grant badawczy Depresja–Mechanizmy–Terapia (DEMETER), przyznany przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego, a finansowany ze środków Unii Europejskiej. Krzysztof Wędzony był również współautorem wniosku, na podstawie którego przyznano Instytutowi status Krajowego Naukowego Ośrodka Wiodącego. Doprowadził do utworzenia i finansowania międzywydziałowego, interdyscyplinarnego studium doktoranckiego (MOLMED). Dzięki „jego staraniom Instytut uzyskał duży grant na cele inwestycyjne i remontowe, dzięki któremu powstało w nim pięć innowacyjnych pracowni badawczych i przeprowadzono kapitalny remont jego infrastruktury”.
Swoje badania prowadził w szeregu ośrodków naukowych w różnych krajach, m.in.