21 lipca 1902 roku został oddany do użytku nowy port w Baku. W momencie otwarcia był jednym z największych portów na świecie oraz największym portem Imperium Rosyjskiego pod względem obrotów ładunkowych, zdolności przeładunkowej i liczby obsługiwanych pasażerów. W latach 1923–1924 towary obsługiwane przez port stanowiły 27,3% całego handlu Związku Socjalistycznych Republik Radzieckich.
W 1963 roku rozpoczęto budowę osobnego terminala obsługującego promy i statki pasażerskie, został on otwarty razem z centrum pasażerskim w 1972 roku.
Obecny Port of Baku w Alat W 2007 roku koreańska firma GSEngineering & Construction złożyła Ministerstwu Transportu Azerbejdżanu projekt na nowy port przeładunkowy w okolicach Baku. Port miał zostać oddany do użytku przed 2015 rokiem. Wstępne obliczenia szacowały koszt budowy nowego portu na ponad 400 milionów dolarów amerykańskich. Zgodnie z przedstawionym projektem port miał posiadać 11 stanowisk do obsługi kontenerowców i być w stanie obsługiwać ponad 11 milionów ton cargo. Projekt był budowany zakładając uczestnictwo w projekcie nowego Jedwabnego szlaku – Jeden pas i jedna droga.