Komisja jest organem kadencyjnym i czas urzędowania jej składu wynosi 7 lat. Obsługę merytoryczną, administracyjną i biurową zapewniają pracownicy Urzędu Państwowej Komisji ds. wyjaśniania przypadków czynności skierowanych przeciwko wolności seksualnej i obyczajności wobec małoletniego poniżej lat 15.
Skład komisji Zmiany w składzie komisji Do maja 2020 nie obsadzono żadnego miejsca w komisji. Pierwszym członkiem Komisji został 15 maja 2020 Błażej Kmieciak powołany na to stanowisko przez Rzecznika Praw Dziecka Mikołaja Pawlaka. Nominację tę ogłoszono 18 maja 2020 po emisji filmu Zabawa w chowanego przedstawiającego m.in. zaniedbania władz państwowych w sprawie walki z pedofilią.
21 maja 2020 ogłoszono, że prezydent RP Andrzej Duda powołał w skład komisji Justynę Kotowską, psycholożkę z Instytutu Psychiatrii i Neurologii w Warszawie. Kolejnymi członkami zostali: Elżbieta Malicka (z rekomendacji prezesa Rady Ministrów Mateusza Morawieckiego) – nauczycielka i wychowawczyni, odznaczona Orderem Odrodzenia Polski i Medalem Zasłużony Kulturze „Gloria Artis”; Agnieszka Rękas (wybrana przez Senat) – sędzia w stanie spoczynku, dawniej orzekała w sprawach karnych;