Kolejnym przedsięwzięciem była stara, nieczynna już szkoła na Bagińcu. Została ona odkupiona przez zamieszkałego w Szwajcarii Jana Pyszkę i zaoferowana przez niego do wykorzystywania przez Macierz Szkolną. Od roku 1994 na lat trzydzieści Macierz zobowiązała się utrzymywać budynek i przyległy areał na użytek zaolziańskiej młodzieży. W tym czasie wyszedł także pierwszy numer „Kwartalnika Macierzy”, pisma redagowanego przez Oskara Lanca i Jana Brannego. Szkoła służyła jako baza harcerska, ośrodek sportów zimowych i jako tzw. zielona szkoła. Z powodu wysokich wymagań ekologicznych i ochronnych o mało nie doprowadzono obiektu do ruiny. Udało się nawet wybudować własną oczyszczalnię ścieków, a pieniądze z różnych akcji odbywających się w szkole były przeznaczane na utrzymanie i renowację budynku. W 2000 Jan Pyszko uczynił Macierz Szkolną głównym właścicielem budynku, aby mogła ona otrzymywać pomoc finansową. Pod koniec 2000 z powodów zdrowotnych z funkcji prezesa zrezygnował Jan Branny, a jego następcą został wybrany Janusz Cisielski. W 2002 budynek, jako nieodpowiadający normom sanitarnym, został zamknięty i od tego czasu niszczał.