9 kwietnia 1949 roku wyszła za mąż za czeskiego astronoma Antonína Mrkosa, a w 1953 roku urodził się ich syn Ivan. Rozwiedli się w 1961 roku. Po raz drugi wyszła za mąż 26 października 1963 roku za Tibora Hrčka. Małżeństwo to przetrwało do jej śmierci w październiku 1979 roku.
Odkrycia Ľudmila Pajdušáková odkryła lub współodkryła 5 komet: 45P/Honda-Mrkos-Pajdušáková – kometa okresowa, która została odkryta 3 grudnia 1948 roku przez japońskiego astronoma Minoru Hondę w Kurashiki i równocześnie przez Antonína Mrkosa i Ľudmilę Pajdušákovą. Dlatego w jej nazwie znalazły się trzy nazwiska. C/1946 K1 Pajdušáková-Rotbart-Weber. Odkryta 30 maja 1946 roku. C/1948 E1 Pajdušáková-Mrkos. Odkryta 13 marca 1948 roku. C/1951 C1 Pajdušáková. Odkryta 4 lutego 1951 roku. C/1953 X1 Pajdušáková. Odkryta 3 grudnia 1953 roku.
Odznaczenia W 1956 roku otrzymała od ówczesnego prezydenta Czechosłowacji Antonína Zápotocký’ego order Řád práce.
Upamiętnienie Odkryta 17 października 1982 roku przez Antonína Mrkosa w Obserwatorium Kleť planetoida 1982 UJ2 została nazwana