Z inicjatywy króla pruskiego Fryderyka Wilhelma I nastąpiła przebudowa budynku gimnazjum w stylu neoklasycznym. Wkrótce po pożarze Kościoła Mariackiego z 14 lipca 1789 przeprowadzone egzaminy końcowe wykazały, że szkoła nie spełnia wymogów akademickich i w wyniku zarządzenia z 25 stycznia 1805, połączono ją z liceum miejskim tworząc Mariackie Gimnazjum Królewskie.
W swej historii budynek ulegał licznym przebudowom. W 1830, ze względu na bardzo zły stan budynku szkolnego, staraniem dyrektora Kocha i ze znacznym poparciem władz miejskich, rozpoczęto budowę nowego gmachu, którą zakończono 2 lata później. Projekt został wykonany przez radcę budowlanego Scabella, przypuszczalnie na podstawie szkicu Karla Schinkla. W 1838 we wsi Turzyn wybudowano dla gimnazjum pierwszą salę gimnastyczną, dopiero 33 lata później sala taka znalazła się w gmachu szkoły. Ponieważ gimnazjum nie zdołało pomieścić wszystkich uczniów, w 1884 dobudowano jeszcze dwa skrzydła. W tej postaci, z wyjątkiem zmian wewnętrznych, budynek przetrwał do dziś.
Od 1916 Gimnazjum Mariackie funkcjonowało już w nowym gmachu przy ul. Henryka Pobożnego, zajmowanym dziś przez II Liceum Ogólnokształcące im.