W następnym sezonie 1991 po zmianie nazwy na Agrofirma Quba zajął 13.pozycję w grupie 3.
Po uzyskaniu niepodległości przez Azerbejdżan w 1992 występował w lidze regionalnej. W sezonie 1996/97 z nazwą Şahdağ Quba debiutował w Birinci Dəstə (D2), a w 2000 zwyciężył i zdobył historyczny awans do Yüksək LiqaCalcio Mondiale Web - 1^ Divisione 2000/01. 22 października 2000 zespół doznał największej porażki, przegrywając 1:10 z przyszłym mistrzem Şəmkir FK. Po 11 kolejce klub wycofał się z rozgrywek. Jego pozostałe mecze były zweryfikowane jako walkowery 0-3 na korzyść rywali. Następnie klub zawiesił działalność. W 2004 został reaktywowany jako Quba FK, ale z powodu problemów finansowych tylko szkolił młodzież w 3 grupach wiekowych. W sezonie 2007/08 przyjął nazwę Spartak Quba i startował w Birinci Divizionu. Po zajęciu ostatniej 8.lokaty spadł do rozgrywek regionalnych, a w 2011 został rozwiązany. W 2017 klub po raz kolejny został przywrócony do życia. Powrócił do historycznej nazwy Şahdağ Quba i w sezonie 2017/18 startował w lidze regionalnej o nazwie Region Liqası Şimal-Paytaxt.
Barwy klubowe, strój
Klub ma barwy zielono-czarne.