Wybuch II wojny światowej przerwał jego naukę. Czas okupacji niemieckiej przeżył w Poznaniu, pracując jako niewykwalifikowany robotnik przy instalacjach grzewczych i wodociągowych, później jako kreślarz wykonując rysunki techniczne w niemieckich pracowniach.
Po wojnie powrócił na uniwersytet. Zajął się slawistyką i badaniami nad gwarą kujawską w ramach pracy dyplomowej. W 1946 roku uzyskał tytuł magistra, broniąc pracy dotyczącej gwary w poezji Jana Kasprowicza, z którą to był bardzo związany. W 1947 roku podczas prowadzenia badań na kujawskich wsiach (87 wsi) został aresztowany przez milicję pod zarzutem szpiegostwa. Trafił do więzienia, jednak zdołał się z niego wydostać dzięki wstawiennictwu poznanego tamże oficera wojsk polskich. W roku 1949 uzyskał stopień naukowy doktora filozofii w zakresie filologii polskiej i słowiańskiej dzięki obronie pracy dotyczącej gwar kujawskich. W tymże roku rozpoczął również kolejne studia na Uniwersytecie Karola w Pradze, które umożliwiły mu pogłębianie wiedzy slawistycznej. W 1954 roku objął stanowisko lektora języka polskiego na Uniwersytecie Jana Amosa Komeńskiego w Bratysławie. Sobierajski był także badaczem relacji językowych polsko-czeskich i polsko-słowackich, doskonale znał te języki, zajmował się również gwarami spiskimi.