Do upadku znaczenia linii kolejowej przyczyniły się napięcia pomiędzy Argentyną i Chile w latach 1977-1978 na tle sporu o przynależność Kanału Beagle i wysp leżących nad nim. Wstrzymano wówczas całkowicie ruch kolejowy, a armia chilijska rozważała nawet zniszczenie kluczowych obiektów na trasie kolei. Później wznowiono na krótko ruch pasażerski, ale w 1984 roku linią przejechał ostatni pociąg. Od tego czasu wiele kilometrów torów po obu stronach granicy zostało rozebranych, bądź rozkradzionych, linia jest nieprzejezdna, z wyjątkiem odcinka poniżej Rio Blanco w Chile, który służy do transportu zaopatrzenia do kopalń miedzi.
W pierwszej dekadzie XXI wieku pojawiły się projekty odbudowy kolei wraz z wykonaniem nowego, znacznie niżej położonego (ok. 2500 m) tunelu pod Andami o długości 23 km, która mogłaby obsłużyć nawet do 80% przewozu ładunków pomiędzy Chile, Argentyną i Brazylią, jednakże jej koszt szacowany na 3 miliardy dolarów spowodował, że pomysł nie wyszedł poza stadium projektu.
mały|Profil pionowy Kolei Transandyjskiej