nie mogąc uzyskać niezbędnych dokumentów na czas, Zeman musiał pozostać w swoim kraju podczas niemieckiej okupacji.
Podczas wojny pracował jako szef reklamy w Dům služeb w Brnie. Reżyser filmowy Elmar Klos przyjechał do Brna, aby nakręcić kronikę filmową o konkursie dekoracji okien, którą wygrał Zeman. Klos zaproponował Zemanowi pracę w studiu animacji w Zlínie, który przyjął pracę w 1943 roku. W studiu Zeman pracował jako asystent pionierskiej animatorki Hermíny Týrlová, a w 1945 r. został dyrektorem grupy produkującej animacje poklatkowe. W tym samym roku, we współpracy z Bořivojem Zemanem nakręcił swój pierwszy film krótkometrażowy Vánoční sen. Krótkometrażowe połączenie animowanych lalek z materiałem filmowym na żywo było początkiem eksperymentów Zemana z nowymi technikami i gatunkami.