Działalnością obediencji kierował Wielki Mistrz stojący na czele Rady Zakonu. Władzę ustawodawczą pełnił Konwent Mistrzów, pracujący z udziałem przedstawicieli wszystkich Lóż. Nadzór nad przestrzeganiem prawa wolnomularskiego pełnił Najwyższy Sąd Braterski. Każdego roku przeprowadzane były demokratyczne wybory do władz Wielkiego Wschodu Rzeczypospolitej Polskiej. Na czele WWRP stał Wielki Mistrz, którym w ostatniej kadencji był Wojciech Mościbrodzki.
Obediencja działała zgodnie z wymogami prawa polskiego i międzynarodowego, a każdy z wolnomularzy był szczególnie zobowiązany do przestrzegania prawa.
Historia
Po 4 czerwca 1989 roku na tyle zmieniły się w Polsce realia polityczne, że działający dotychczas w dyskrecji wolnomularze podjęli jawne działania w przestrzeni publicznej. W 1991 roku ujawniono publicznie istnienie Wielkiej Loży Narodowej Polski. Wielki Wschód Francji także podjął inicjatywę budowania nad Wisłą struktur wolnomularstwa typu romańskiego. Powstały dwa warsztaty – w 1990 roku Loża Nadzieja na Wschodzie Lille (następnie przeniesiona do Warszawy) oraz w 1991 roku Loża Wolność Przywrócona. Kolejnymi dwiema komórkami były loże Trzech Braci oraz Europa (11.3.1994).