XX wieku klasztor jasielski (tak jak inne franciszkańskie konwenty na Podkarpaciu) podlegał prowincji we Lwowie, a następnie został podporządkowany prowincji w Krakowie .
Podczas II wojny światowej w trakcie nadejścia frontu wschodniego kościół został zniszczony – według różnych wersji w wyniku działań Armii Czerwonej lub Niemców. Po wojnie kaplica została ustanowiona w klasztorze przy ul. A. Mickiewicza 4. Nowy klasztor budowano w latach 1948–1952. Po odwilży z 1956 uzyskano od władz PRL pozwolenie na budowę nowego kościoła, który budowano w latach 1957–1963 u zbiegu ulic 3 Maja i Fryderyka Szopena. Projektantem budynku był Zbigniew Kupiec. Kościół został poświęcony 6 października 1963. Do 1975 w prezbiterium stała figura św. Antoniego. W tymże roku przebudowano ołtarze boczne. Figura św. Antoniego trafiła do nawy. W 1969 na wieży zawieszono 3 dzwony – dwa z Odlewni dzwonów Jana Felczyńskiego oraz jeden zabytkowy, z roku 1933, odlany w Odlewni dzwonów Karola Schwabe. Mają tony h’, a’, e’•. W latach 70. umieszczono organy. 11 maja 1980 biskup przemyski Ignacy Tokarczuk konsekrował kościół.
Od 23 lutego 1969 funkcjonuje parafia św. Antoniego Padewskiego (wydzielona z parafii farnej). Pod koniec lat 80. podjęto rozbudowę klasztoru.