Po napaści UPA zimą 1943 roku, działalność szkoły została zawieszona. Do pałacu wdarli się Ukraińcy, zabitych zostało 18 osób, a kilka było rannych. Po tym wydarzeniu wieś opustoszała, Polacy zaczęli uciekać do Zamościa i Hrubieszowa. Główny gmach szkoły zajmowali Ukraińcy oraz sporadycznie Niemcy. Jedna sala została przeznaczona do użytku szkoły ukraińskiej, a dotychczasowy pokój nauczycielski stał się mieszkaniem jednej z nauczycielek. Akta i sprzęt zostały spalone w lipcu 1944 roku. Ocalało jedynie kilka książek, zabranych przez Zofię Geissler.
Późną jesienią 1944 roku organizacją szkoły zajmował się Edward Siwek. Do użytku szkolnego przeznaczona została jedna izba, a zapisanych było 45 uczniów. Budynek po wojnie był bardzo zniszczony. Pod ciężarem zboża wygięły się sufity, popękały tynki, dach był podziurawiony od pocisków. W czasie wakacji 1945 przygotowane zostały jeszcze dwie izby. Od 1 września do szkoły uczęszczało 230 dzieci, a w październiku ponad 300. W połowie września szkołę opuścił dotychczasowy kierownik, Edward Siwek, a nowym został Franciszek Lipko. Szkoła wówczas dysponowała 30 ławkami i 3 tablicami, brak było zeszytów oraz podręczników. Nauka odbywała się od 8 do 16 na 3 zmiany.