1991–2018 W latach 90. zespół skupił się głównie na koncertowaniu wydając jeden album koncertowy – A Night at Red Rocks (1993). Grupa wróciła do nagrywania dopiero w 1998 r. W następnym roku ukazał się krążek Strange Times, kontynuujący stylistyczny powrót zespołu do brzmienia znanego z klasycznego okresu działalności. Okazał się on pierwszym od prawie dwudziestu lat albumem Moody Blues, który nie spotkał się z nieprzychylnymi recenzjami brytyjskich krytyków i pierwszym wyprodukowanym samodzielnie przez zespół.
W 2002 na muzyczną emeryturę przeszedł jeden z założycieli zespołu – Ray Thomas. Odtąd zespół to trio składające się z Haywarda, Lodge’a i Edge’a. W 2003 trio wydało płytę December. Nagranie zawiera utwory o tematyce świątecznej i jest zarazem pierwszym od czasów The Magnificent Moodies krążkiem The Moody Blues, który zawiera utwory nienapisane przez członków zespołu. Było to ostatnie studyjne wydanie zespołu.
W 2008 ukazały się: album kompilacyjny Playlist Plus oraz album koncertowy Live at the Isle of Wight 1970.