Katolicy w Meksyku często jednoznacznie nie zgadzają się z naukami swojego Kościoła. Połowa meksykańskich katolików uważa, że osoby homoseksulne powinni mieć prawo zawierania małżeństw jednopłciowych (prawo istniejące w niektórych częściach kraju), w porównaniu z 42%, tych którzy popierają politykę kościelną i sprzeciwiają się małżeństwom homoseksualnym. Jeszcze mniej katolików w Meksyku twierdzi, że seks poza małżeństwem (45%), rozwód (32%) i antykoncepcja (28%) są moralnie złe.
Protestantyzm cieszy się największym zainteresowaniem wśród rdzennej ludności Indian. Wraz z napływem kapitału z USA protestantyzm w coraz większym stopniu był utożsamiany z dobrobytem. Protestanci stanowią największy odsetek populacji na południu kraju, w stanach Chiapas, Tabasco, Quintana Roo i Campeche. Około połowa z szacowanej na 100 tys. społeczności mennonitów, skoncentrowana jest w stanie Chihuahua. Jednak większość protestantów w Meksyku to zielonoświątkowcy. Duże grupy zrzeszają także: prezbiterianie, wolne kościoły, adwentyści dnia siódmego, metodyści i baptyści.