Po śmierci ojca w 1853 roku wyzwolił odziedziczonych wraz z majątkiem niewolników, a po wybuchu wojny secesyjnej deklarował poparcie dla Unii, koncertując w stanach północnych.
W 1865 roku, po skandalu wywołanym uwiedzeniem nieletniej uczennicy w San Francisco, wyemigrował z USA do Ameryki Południowej. Koncertował m.in. w Peru, Chile i Urugwaju. 25 listopada 1869 roku zasłabł na scenie podczas występu w Rio de Janeiro i kilka tygodni później zmarł. Jego prochy sprowadzono do Nowego Jorku i 3 października 1870 roku pochowano na Brooklynie.
Twórczość Jego twórczość reprezentuje styl salonowy. Uprawiał wszystkie gatunki miniatury fortepianowej XIX wieku: polki, mazurki, tarantele, kaprysy, ballady, marsze, scherza, serenady, etiudy, fantazje. Muzyka Gottschalka nosi cechy wirtuozowskie, z elementami egzotyki i stylu kreolskiego, z postrzępionymi melodiami i rytmami synkopowanymi typowymi później dla ragtime’u i jazzu. Do jego uczniów należała Teresa Carreño.