W 1897 roku Magnus odwiedził Kanadę na zaproszenie British Association for Advancement of Science, a następnie udał się do Stanów Zjednoczonych.
Nie ożenił się, całkowicie poświęcając się badaniom naukowym. Jego grób znajduje się w Berlinie na cmentarzu żydowskim przy Schönhauser Allee.
Praca naukowa Podczas wyprawy naukowej na Morze Bałtyckie i Północne Magnus zbadał i opisał wiele gatunków glonów, m.in. z rodziny Chytridiaceae. W 1893 r. był zaangażowany w utworzenie stacji biologiczno-rybnej Müggelsee (obecnie jest to stacja pomiarowa Instytutu Ekologii Słodkiej Wody i Rybołówstwa Śródlądowego Leibniz). Badania Magnusa poświęcone były jednak głównie mykologii, zwłaszcza pasożytniczym rodzinom głowniowatych (Ustilaginaceae) i Uredinaceae. Opisał etiologię różnych chorób roślin. Utrzymywał dobre relacje z wieloma kwiaciarniami i podróżnikami, dzięki czemu otrzymywał materiały biologiczne z całego świata – w tym od J.F.N. Bornmüllera z Syrii i Turcji, G. Schweinfurtha z Erytrei czy R. Marlotta z Afryki Południowej. Magnus wyjaśnił biologię wielu form grzybów, które wydawały się być innymi gatunkami, gdyż miały innych żywicieli i inną morfologię. W związku z tym dokonał zmian w taksonomii grzybów.