W roku 1945 został pastorem zboru baptystycznego w Łodzi. Jednocześnie był także prezbiterem okręgowym. 1 listopada 1948 roku został zdjęty ze stanowiska pastora, ponieważ jego działalność uznano za sprzeczną z zasadami Kościoła baptystów. Była to decyzja zboru i została zaaprobowana przez Radę Naczelną Kościoła. Najmałowski nie podporządkował się tej decyzji, szukał innego rozwiązania. Zjednał sobie część zborowników i wraz z nimi utworzył oddzielną grupę wyznawców. On sam tłumaczył, że do wewnętrznych podziałów w zborze doszło pod wpływem modernistycznej teologii.
thumb|Pismo Polskiego Związku Ewangelicznego do Zarządu Miejskiego w Łodzi z dnia 17 lutego 1949 W 1949 roku wespół z Szymonem Bilińskim i Eugeniuszem Kupskim próbował utworzyć Polski Związek Ewangeliczny. Wszyscy trzej pracowali dla UB. Kościół miał się tym wyróżniać spośród innych, że został stworzony na wzór „radziecki”. W 1950 roku przeszedł wraz ze swoim zborem do Kościoła Metodystów, a osiem lat później przyłączył się do Zjednoczonego Kościoła Ewangelicznego (wraz ze zborem).
W 1959 roku został wybrany do Rady Naczelnej Kościoła i pozostał jej członkiem do roku 1978. Na VII synodzie ZKE w 1971 roku został wybrany do Komisji Kontrolującej, a na synodzie roku 1975 został wiceprezesem Kościoła.