Twórczość Był jednym z najbardziej płodnych kompozytorów współczesnych. Pozostawił po sobie około 500 utworów, reprezentujących różne gatunki muzyczne, w tym ponad 60 symfonii. Aktywny od wczesnej młodości do wieku podeszłego, ponad 30 spośród swoich symfonii skomponował po przekroczeniu 60. roku życia. Krytyczny wobec swojej twórczości, pod wpływem niepochlebnej opinii ze strony Aarona Coplanda i Leonarda Bernsteina w 1943 roku zniszczył większość swoich młodzieńczych dzieł, w tym 7 pierwszych symfonii.
Wypracował własny, indywidualny styl, oparty na połączeniu muzyki europejskiej z elementami muzyki Wschodu. Początkowo pozostawał pod silnym wpływem muzyki armeńskiej, naśladując twórczość Yenovka Der Hagopiana i Komitasa Wardapeta. Na przełomie lat 50. i 60. pod wpływem odbytych podróży i studiów coraz silniej w muzyce Hovhanessa zaczynają pojawiać się nawiązania do kultury muzycznej Dalekiego Wschodu (chińska muzyka okresu Tang, japońskie gagaku, koreańskie ah-ak, muzyka indyjska). W swoich kompozycjach sięgał po wschodnie instrumentarium (utwory na sitar, koto, shō, ryūteki, hichiriki). Muzyka Hovhanessa cechuje się wyrazistą melodyką modalną, determinującą konsonansową lub nieco dysonansową harmonikę.