W 1948 został wikariuszem generalnym archidiecezji Los Angeles, łącząc tę funkcję z probostwem.
26 października 1955 ten sam papież mianował go koadiutorem biskupa Sacramento. 14 stycznia 1957, po śmierci swojego poprzednika bpa Roberta Johna Armstronga, został ordynariuszem Sacramento. W ciągu jego pięcioletniego pontyfikatu powstało dziewięć parafii, trzy szkoły średnie oraz trzydzieści trzy nowe budynki kościelne. Przeniósł również seminarium diecezjalne.
Arcybiskup San Francisco 19 lutego 1962 papież Jan XXIII mianował go arcybiskupem San Francisco. Ingres odbył 3 kwietnia 1962. Jednym z pierwszych wyzwań na nowej stolicy była odbudowa katedry, która uległa pożarowi w pierwszym roku pontyfikatu abpa McGuckena. Arcybiskup McGucken powołał zespół architektów, który zaprojektował świątynię w stylu modernistycznym. Budynek został nazwany pierwszą katedrą prawdziwie naszych czasów i dopasowaną do reform liturgicznych soboru.
Jako ojciec soborowy wziął udział w soborze watykańskim II.