Na mocy dekretu napoleońskiego Królestwa Włoch z 5 czerwca 1805 roku (oraz kolejnych dekretów) zainicjowano w Wenecji proces kasat i przekształceń kościołów i klasztorów oraz zmian granic parafii. 1 lipca 1806 roku klasztor augustianek, który dotąd podlegał bezpośrednio Stolicy Apostolskiej ciesząc się wielkimi przywilejami i immunitetami, stał się, na mocy dekretu z 8 czerwca 1805 roku, własnością państwa, a 12 maja 1810 roku został zniesiony. Cenne dzieła sztuki przeniesiono do kościoła parafialnego San Pietro Martire, zaś chór zakonny (tzw. barco) został rozebrany. Przed 1830 rokiem z kościoła usunięto organy, a emporę muzyczną rozebrano. W 1832 roku został rozebrany budynek klasztoru. Kościół zamknięto w 1848 roku, ponieważ groził zawaleniem, jednak 12 lipca 1863 roku został ponownie otwarty. W latach 1871–1872 miejsce zajmowane przedtem przez barco zamurowano, po czym zbudowano trzypiętrowe pomieszczenia dla organizacji charytatywnej. Stan techniczny kościoła tymczasem uległ pogorszeniu. Grożący zawaleniem ołtarz główny wymusił decyzję usunięcia obrazów z wnętrza i przeniesienia części z nich do innych kościołów na Murano, a części do Akademii Sztuk Pięknych (niektóre obrazy Tintoretta i obraz ołtarza głównego pędzla Il Pordenone), podczas gdy gobeliny przeniesiono do siedziby muzeum szkła.