Trznadel popielaty (E. cineracea) nie został uwzględniony w tym badaniu. Uwzględniało go jednak badanie z 2014 roku z wykorzystaniem zarówno analizy pojedynczego locus – sekwencji genu kodującego cytochrom b – jak i analizy wielu loci. Drzewa filogenetyczne opracowane z użyciem każdej z tych metod przedstawiają pozycję trznadla skalnego i wspomnianych trzech gatunków względem siebie tak samo:
Podgatunki IOC wyróżnia 3 podgatunki, podobnie jak autorzy HBW i AviList: E. b. cerrutii de Filippi, 1863 E. b. buchanani Blyth, 1845 E. b. neobscura Paynter, 1970
Niektórzy autorzy uznają trznadla skalnego za gatunek monotypowy. Różnice między przedstawicielami poszczególnych podgatunków są niewielkie. Często pojedynczego osobnika nie da się przypisać do konkretnego podgatunku. Według autorów Handbook of Western Palearctic Birds (2018) zestawu cech mających charakteryzować ptaki danego podgatunku – określonej jasności upierzenia i tego, jak wyraźne jest kreskowanie na wierzchu ciała – nie da się potwierdzić na okazach muzealnych. Zmienność osobnicza jest w zbiorach muzealnych lepiej widoczna niż domniemana zmienność między przedstawicielami różnych podgatunków.